专项应付款和政府补助的会税处理差异
两者的性质有所不同
在“专项应付款”中核算的政府拨入资金属于所有者投入的资本,而“政府补助”准则所适用的是政府无偿给予的资产,这是两者的根本区别。
《企业会计准则应用指南——会计科目和主要账务处理》——2711“专项应付款”科目使用说明明确：“科目核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项或特定用途的款项”。“专项应付款”科目核算的是企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项或特定用途的款项，政府以投资者身份向企业投入资本（如基本建设投资、国债投资项目等），享有企业相应的所有者权益。在这种情况下，政府与企业之间的关系是投资者与被投资者的关系，属于互惠交易，不具有“政府补助”的无偿性特征，因此收到拨款在“专项应付款”中核算，“项目完工形成长期资产”或“项目完工拨款结余不需上交原拨款部门”的款项部分，将对应的“专项应付款”结列入“资本公积——资本溢价或股本溢价”核算。
“政府补助”则是指企业从政府无偿取得的货币性资产或非货币性资产。在2017年新修订的《企业会计准则第16号——政府补助中》中，删除了“但不包括政府作为企业所有者投入的资本”的表述，但基本定义并无改变。“政府补助”最基本特征包括两点，即从政府直接取得资产以及无偿性。因为是无偿的，则不属于互惠交易，对企业来说，是获得的一种收益。因此，政府补助不管是属于与资产相关还是与收益相关，最终都将确认为企业的收益。
综上分析：“专项应付款”是国家以投资者身份向企业投入资本，享有企业相应的所有权，企业有义务向投资者分配利润，国家与企业之间是投资者与被投资者的关系。国家拨入的投资补助等专项拨款中，国家相关文件规定作为“资本公积”处理的，也属于资本性投入的性质。政府的资本性投入无论采用何种形式，均不属于“政府补助”。
两者的形式有所不同
专项应付款是核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项用途的资金，一般均为收到的政府拨入的货币资金。而政府补助是企业从政府无偿取得的资金或非货币性资产，可以是以货币资金投入的财政拨款，也可以是政府无偿给予企业的长期非货币性资产，比如：先征后返、即征即退的税款，行政划拨的土地使用权、天然起源的天然林等，也可以包括政府贴息或其他实物资产的拨入等。
账务处理方面的区别
专项应付款使用后形成资产，记入资本公积，影响企业的所有者权益。企业收到的政府补助则包括四种类型：与资产相关、与日常活动相关的除与资产相关的政府补助之外的政府补助、与销售商品提供服务等活动密切相关的政府补助、与日常活动无关的政府对非日常活动给予的救济补助等。在采用总额法对政府补助进行核算时，这四种类型的政府补助都将对企业的利润产生影响。这是两者在会计核算中的主要区别。
专项应付款科目核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项或特定用途的款项，一般是按资本性投资项目进行明细核算。企业收到政府拨入款项时，借记“银行存款”等科目，贷记“专项应付款”。在将政府拨款用于工程项目建设时，借记“在建工程”等科目，贷记“银行存款”、“应付职工薪酬”等科目。工程项目完工后，对形成长期资产的部分，借记“专项应付款”，贷记“资本公积——资本溢价”科目；对未形成长期资产需要核销的部分，借记“专项应付款”，贷记“在建工程”等科目；拨款结余需要返还的，借记“专项应付款”，贷记“银行存款”科目。本科目期末贷方余额，反映企业尚未转销的专项应付款。
相对来说，政府补助的核算内容比“专项应付款”科目的核算内容更广泛。具体核算简要介绍如下：
1.与资产相关的政府补助：企业收到与资产相关的政府补助时，应冲减相关资产的账面价值或确认递延收益。企业将政府补助用于购建长期资产并且 确认为递延收益的，应自相关资产达到 预定可使用状态时起，在相关资产使用寿命内按照合理系统的方法分期计入损益（包括其他收益和营业外收入）。相关资产在使用寿命结束前被出售、转让、报废或发生毁损的，应当将尚未分配的相关递延收益余额一次性转入资产处置当期的损益，不再予以递延。
2. 与日常活动相关的除与资产相关的政府补助之外的政府补助：在收到与收益相关且用于补偿企业以后期间的相关成本费用或损失的政府补助时，首先判断企业能否满足政府补助所附条件。如果暂时无法确定能否满足政府补助所附条件，则应当先作为预收款项计入“其他应付款”科目，待客观情况表明企业能够满足政府补助所附条件后，再确认为递延收益；如果客观情况表明企业能够满足政府补助所附条件，则应当直接确认为递延收益，并在确认相关费用或损失的期间，计入当期损益或冲减相关成本。
在收到与收益相关且用于补偿企业已经发生的相关成本费用或损失的政府补助时，这类补偿与企业已经发生的行为有关，是对企业已发生的成本费用或损失的补偿，或是对企业过去行为的奖励。在总额法下直接计入“其他收益”。在净额法下：冲减当期的成本或费用（视不同情况分别冲减主营业务成本、期间费用或者生产成本）。
3. 与销售商品提供服务等活动密切相关的政府补助：适用于收入准则，确认为当期的营业收入。
4.与日常活动无关的政府补助：一般来与企业日常活动无关的政府补助，直接计入营业外收支。
5.政策性搬迁补偿款：
企业收到的政府性搬迁补偿款，也属于政府补助范畴，根据准则的规定，企业收到政府补助：
（1）与收益相关的政府补助应当在其补偿的相关费用或损失发生的期间计入当期损益；
（2）企业取得与资产相关的政府补助（搬迁后重新购置资产），不能全额确认为当期收益，应当随着相关资产的使用逐渐计入以后各期的收益。也就是说，这类补助应当先确认为递延收益，然后自相关资产可供使用时起，在该项资产使用寿命内平均分配，计入当期损益。
2009年6月1日，财政部发布了《关于印发企业会计准则解释第3号的通知》（财会〔2009〕8号），对搬迁补偿支出的会计处理又进行了进一步明确规定：企业因城镇整体规划、库区建设、棚户区改造、沉陷区治理等公共利益进行搬迁，收到政府从财政预算直接拨付的搬迁补偿款，应作为专项应付款处理。其中，属于对企业在搬迁和重建过程中发生的固定资产和无形资产损失，有关费用性支出、停工损失及搬迁后拟新建资产进行补偿的，应自专项应付款转入递延收益，并按照《企业会计准则第16号——政府补助》进行会计处理。企业取得的搬迁补偿款扣除转入递延收益的金额后如有结余的，应当作为资本公积处理。
税务处理方面的区别
对于专项应付款的税务处理，由于在“专项应付款”中核算的为国家作为所有者的权益性投资，根据“财税[2008]151号”文件规定，企业取得的各类财政性资金，除属于国家投资和资金使用后要求归还本金的以外，均应计入企业当年收入总额。故对于“专项应付款”使用后不用征企业所得税，相关费用支出也是可以税前扣除的。
对于政府补助的税务处理，一般包括两方面：
1、作为不征税收入：其政策依据为“财税[2011] 70号”文件规定，企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，如果符合作为不征税收入的条件（①企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件；②财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；③企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。），则可作为不征税收入，与此相关的成本费用不得税前扣除。在5年（60个月）内未发生支出且未缴回财政部门或其他拨付资金的政府部门的部分，应计入取得该资金第六年的应税收入总额；计入应税收入总额的财政性资金发生的支出，允许在计算应纳税所得额时扣除。不征税收入形成的资产需建立台账管理，以便于所得税汇算清缴时做纳税调整及资金拨付部门的检查。
2.作为征税收入：如果收到的政府补助不符合“财税[2011] 70号”作为不征税收入的条件，则根据国家税务总局“2010年第19号”公告，企业取得的接受捐赠收入，除另有规定外，均应一次性计入确认收入的年度计算缴纳企业所得税。
上述政府补助如果确认为征税收入，则应征企业所得税，相关费用支出可以税前扣除；如果确认为不征税收入，则不用征企业所得税，但相关费用支出也不允许税前扣除。
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